Guanaja es una isla muy visitada por los buceadores por sus tibias y cristalinas aguas que sostienen parte del segundo arrecife de coral más grande del mundo, también visitada por amantes de la naturaleza, biólogos que quieren conocer la biodiversidad en la isla, árboles y plantas, animales y peces.
Guanaja fue descubierta por Cristobal Colón en 1502, precisamente en la playa "Soldado" en el lado norte de la isla. En los últimos años habitantes de las Islas Caimán se asentaron en las Islas de la Bahía, lo que explica la difusión del español y del idioma inglés.
A finales de octubre de 1998, la mayoría de los edificios y casas en la isla fueron afectados por el huracán Mitch. Los isleños en el mismo mes arreglaron los daños. Es una isla muy visitada por turistas. También posee muchos manglares y los bosques de pino que pueden ser visibles desde imágenes satelitales.
El medio más común de transporte son los barcos y las lanchas, un canal local conocido como "The Cut" permite el acceso desde el sur hacia el lado norte de la isla sin tener que ir todo el camino alrededor.
Guanaja cuenta con el aeropuerto de Guanaja (GJA), los aviones viajan hacia y desde el aeropuerto de La Ceiba.
Hay una carretera, desde Mangrove Bight hasta Savannah Bight, pero el transporte en automóvil es escaso, y a partir de 2006, sólo hay aproximadamente unos tres coches en la isla, los habitantes de Guanaja prefieren viajar en lanchas para viajar dentro de la isla.
